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Les douanes béninoises exercent traditionnellement trois missions : tout d’abord, une mission fiscale, puisqu’elles perçoivent des droits et taxes.

Dans le prolongement de cette mission, les douanes ont un rôle économique : création d’un environnement propice à l’activité de production, mais aussi à la promotion du commerce licite.

Les douanes béninoises prêtent assistance à d’autres administrations par l’application de réglementations particulières pour leur compte.

S’y est ajoutée, récemment, une quatrième mission, celle de la facilitation  et de la sécurisation et de la chaîne logistique internationale qui implique un contrôle rigoureux des marchandises à tous les stades, de la fabrication à la destination finale, en passant par le transport.

Pour consolider les acquis du volet traditionnel, tout en conciliant les préoccupations apparemment antinomiques de protection de la chaîne logistique internationale et de facilitation des échanges, le tout dans la plus grande transparence, la douane béninoise a réactualisé son environnement de travail en se dotant de moyens modernes de gestion.

Missions

Liquidation des recettes douanières: Il s’agit, ici, de la perception des droits de douanes inscrits au Tarif douanier. Ces droits sont des impôts indirects exigibles à l’importation comme à l’exportation; Liquidation des recettes non douanières: A côté des droits de porte, la douane s’est vue confier la liquidation de taxes et autres prélèvements pour le compte d’autres administrations : il s’agit de la TVA, le fonds de garantie, la taxe de voirie, etc. La Douane fournit à l’Etat une bonne partie de ses ressources budgétaires. Ainsi pour le compte du premier semestre 2017, les recettes douanières se sont élevées à 127.3 milliards de francs CFA soit 30 % des recettes ordinaires.
Protection de l’économie nationale: La douane, en assurant la surveillance des échanges extérieurs, assure également une mission de protection de l’économie nationale. Pour cela, les marchandises qui franchissent la frontière sont assujetties à des droits et taxes dont les taux sont modulés de manière à rendre les produits locaux compétitifs. Elle veille également au respect des pratiques commerciales loyales (lutte contre le dumping, la concurrence déloyale, etc.) Informations statistiques: En élaborant les statistiques douanières, l’Administration des douanes permet aux opérateurs économiques de procéder à des études de marché et aux pouvoirs publics de disposer d’informations précises sur le commerce extérieur. Impulsion de l’activité économique par le biais de mécanismes de suspension de droits et taxes. La douane contribue au dynamisme de l’activité économique nationale en facilitant les échanges. Il s’agit de faire bénéficier aux opérateurs économiques des avantages liés aux régimes douaniers économiques ou aux régimes particuliers.
Parallèlement aux activités fiscale et  économique qui constituent l’essentiel de sa mission, mais aussi de par sa présence permanente aux frontières, la douane apporte son concours à d’autres administrations. Ministère de l’Economie et des Finances La douane procède à la liquidation de la TVA et perçoit  les autres taxes intérieures pour le compte de la direction générale des Impôts. Ministère de la Santé publique L’administration des douanes est chargée de faire respecter les règles de circulation et de la commercialisation de certains produits pharmaceutiques ou issus du règne végétal ou animal (Police sanitaire et de salubrité; lutte contre le trafic illicite des organes) Ministère de l’Environnement Police phytosanitaire, lutte contre les déchets et produits dangereux Ministère de l’Intérieur La douane apporte son concours dans la lutte contre le criminalité transfrontalière et le terrorisme notamment dans le contrôle du mouvement des armes et munitions Ministère du Commerce La douane veille au respect des normes de qualité, de conditionnement, de la métrologie et du marquage. Protection de la propriété industrielle: La douane s’oppose aux pratiques commerciales déloyales (contrefaçon, fausses marques de fabriques …) Promotion de l’industrie: La douane contribue à la compétitivité des entreprises en facilitant les échanges extérieurs (régimes économiques) Ministère de la Culture Lutte contre la pornographie et la pédophilie: Dans ce domaine, la douane s’oppose à l’importation de films pornographiques et à toutes publications obscènes Protection de la propriété littéraire et artistique : l’administration des douanes veille au respect de la propriété artistique et littéraire. Autres Ministères Enfin, la douane concourt, au même titre que d’autres administrations (Police, Gendarmerie, et Eaux et forêts), à : la lutte contre le blanchiment des revenus illicites la protection des espèces menacées d’extinction la lutte contre le trafic illicite des stupéfiants.